Ga Sài Gòn gốc do Pháp xây dựng tại khu vực đường Hàm Nghi nay là Trạm trung chuyển Hàm Nghi gần chợ Bến Thành, được khánh thành năm 1885. Từ đây tỏa đi các hướng có tuyến đường sắt Sài Gòn - Mỹ Tho, đường sắt Sài Gòn - Nha Trang.

Năm 1911 thì người Pháp cho xây dựng ga Sài Gòn mới ở vị trí ngày nay là công viên 23 tháng 9 và bến xe buýt Sài Gòn và hoàn thành vào tháng 9 năm 1915.

Đến năm 1938, tuyến Sài Gòn-Nha Trang ở phía bắc Hòa Hưng đã được định tuyến lại theo con đường hiện tại và các kho chứa hàng hóa và đầu máy mới đã được xây dựng trên tuyến đường lệch. Tuy nhiên, tạm thời Ga Sài Gòn vẫn được giữ nguyên.

Sau khi tuyến nhánh Sài Gòn–Mỹ Tho bị đóng cửa vào năm 1958, Cục Đường sắt Nam Việt Nam (Sở Hỏa xa Việt Nam, HXVN), đã có kế hoạch đóng cửa ga cuối đường sắt trung tâm thành phố không được yêu thích và di dời về Hòa Hưng tuy nhiên chưa thực hiện được do chiến tranh.

Năm 1978, thực hiện chủ trương chỉnh trang quy hoạch đô thị của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, ga Sài Gòn dời về ga Bình Triệu, đồng thời nâng cấp, tu sửa ga hàng hóa Hòa Hưng cũ thành ga hành khách Sài Gòn ngày nay. Tháng 11-1983, ga Sài Gòn chính thức đi vào hoạt động, khai thác cho đến nay tại địa chỉ  Số 1 Nguyễn Thông, Phường 9, Quận 3, Thành phố Hồ Chí Minh.

-Tổng hợp nhiều nguồn -