Chi nhánh Khai thác Đường sắt Sài Gòn là đơn vị trực thuộc Tổng Công ty ĐSVN theo quyết định 2019/QĐ-ĐS ngày 19/12/2014, tiền thân là sự hợp nhất của một số đơn vị trực thuộc Công ty Vận tải Hành khách Đường sắt Sài Gòn trên cơ sở tách phần Khai thác Kết cấu hạ tầng với phần Kinh doanh vận tải theo đề án tái cơ cấu của Tổng công ty ĐSVN được Chính phủ phê duyệt (ga Sài Gòn, ga Sóng Thần, Xí nghiệp Vận tải Đường sắt Sài Gòn (18 ga), Xí nghiệp Vận tải Đường sắt Thuận Hải (10/12 ga) và ga Đà Lạt thuộc Xí nghiệp Kinh doanh Dịch vụ Tổng hợp Đường sắt Sài Gòn). Chi nhánh Khai thác Đường sắt Sài Gòn hiện có 31 ga, quản lý 29 ga trên tuyến Đường sắt Thống nhất với chiều dài 319 Km và 02 ga nằm trên tuyến đường nhánh đi Phan Thiết (Bình Thuận – Phan Thiết dài 09 Km, nối vào đường sắt thống nhất) và Đà Lạt – Trại Mát (dài 07 Km, không nối vào đường sắt Thống nhất)

1.Cơ cấu tổ chức của Chi nhánh

a.    Ban giám đốc Chi nhánh: Giám đốc Hà Trọng Thắng và các Phó Giám đốc

b.   Các phòng nghiệp vụ, tham mưu: có 03 phòng: Phòng Tổ chức Hành chính (P.TCHC); Phòng Kế hoạch kinh doanh và Tài chính kế toán (P.KHTC); Phòng Giám sát kỹ thuật và an toàn giao thông đường sắt (P. KTAT)

c.    Các ga: gồm có 31 ga và 01 trạm trong đó có 02 ga hạng 1 (ga Sài Gòn và ga Sóng Thần), 01 ga hạng 2 (ga Tháp Chàm),  04 ga hạng 3 (ga Đà Lạt, ga Phan Thiết, ga Bình Thuận, ga Biên Hòa), 24 ga hạng 4 và 01 trạm Trại Mát.

2. Chức năng, nhiệm vụ của Chi nhánh

2.1. Ngành nghề kinh doanh, theo giấy phép được cấp thì Chi nhánh có 08 ngành nghề chính chi tiết như sau:

- Hoạt động dịch vụ hỗ trợ trực tiếp cho vận tải đường sắt và đường bộ: điều hành giao thông vận tải đường sắt quốc gia; xếp dỡ hàng hoá; lưu kho, bảo quản hàng hoá; giao nhận; đại lý vận tải; thuê, mua phương tiện, sửa chữa phương tiện; các dịch vụ khác liên quan đến việc tổ chức và thực hiện chuyên chở hành khách, hành lý, bao gửi và hàng hoá bằng đường sắt (trừ hoá lỏng khí để vận chuyển).

- Vận tải hành khách đường sắt: kinh doanh vận tải đường sắt, vận tải đa phương thức và liên vận quốc tế

- Vận tải hàng hoá đường sắt: đại lý và dịch vụ vận tải đường sắt,đường bộ, đường thuỷ, đường hàng không (trừ hoá lỏng khí để vận chuyển)

- Xây dựng công trình đường sắt và đường bộ: quản lý, khai thác, bảo dưỡng và sửa chữa hệ thống kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia; kinh doanh hệ thống kết cấu hạ tầng đường sắt;

- Hoạt động viễn thông khác: dịch vụ viễn thông.

- Hoạt động dịch vụ công nghệ thông tin và dịch vụ khác có liên quan đến máy vi tính: dịch vụ tin học.

- Buôn bán nhiên liệu rắn, lỏng, khí và các sản phẩm liên quan: kinh doanh xăng, dầu mỡ bôi trơn của ngành đường sắt (trừ khí dầu mỏ hoá lỏng LPG).

- Kho bãi và lưu giữ hàng hoá: Kinh doanh kho bãi và dịch vụ hỗ trợ cho vận tải

2.2 Nhiệm vụ chính

a) Triển khai thực hiện các hợp đồng giao việc của Tổng công ty Đường  sắt Việt Nam, bao gồm các nội dung:

-  Tổ chức công tác đón gửi tàu và dồn tàu.

-  Tổ chức chi phí phục vụ tác nghiệp hành khách.

-  Tổ chức chi phí phục vụ tác nghiệp hàng hoá.

-  Giao tiếp liên vận quốc tế,

- Các công việc khác: Trích khấu hao TSCĐ, sửa chữa lớn TSCĐ, trả thuế đất, chi trả chế độ cho người lao động....

- Trưởng và phó tiểu ban chỉ đạo ANTT với các địa phương có đường sắt đi qua: Lâm Đồng, Bình Thuận, Đồng Nai, Bình Dương, TP Hồ Chí Minh và Ninh Thuận.

- Trưởng tiểu ban chỉ đạo an toàn đèo dốc Dâu Giây và tổ chỉ đạo đèo dốc Đà Lạt – Trại Mát.

b) Tổ chức kinh doanh các dịch vụ theo ngành nghề và phương án kinh doanh được Tổng công ty Đường sắt Việt Nam phân cấp ủy quyền:

- Kinh doanh cung cấp dịch vụ điều hành giao thông đường sắt tại các đường nhánh Đà Lạt – Trại Mát.

- Cho thuê kết cấu hạ tầng đường sắt không liên quan trực tiếp đến tại các ga trực thuộc bao gồm các mặt bằng văn phòng, kho, bãi, dịch vụ quảng cáo

- Kinh doanh các dịch vụ hỗ trợ vận tải: dịch vụ cầu cân đường bộ và bán vé vào cổng ga, taxi ra vào ga, quản lý đội xếp dỡ, quản lý phương tiện xếp dỡ, trông giữ xe, cho thuê tài sản nhóm 2.

- Kinh doanh các dịch vụ khác.